2012年，南京醫藥根據“突出主業，強基固本，以提高運營質量和盈利能力為核心，通過創新驅動，提升戰略執行力，發揮集團效應，提升公司經營績效和市場價值”的工作指導思想，攻堅克難，業績扭虧為盈，實現營業收入180.24億元，歸屬于母公司所有者的凈利潤1082.04萬元，每股收益0.016元。

在過去的一年里，南京醫藥做了各方面的努力，以克服企業自身發展及前進中暫時性困難和不利影響，為2013年繼續轉型創新并逐漸步入良性發展軌道打下了良好基礎。首先，南京醫藥聚焦戰略規劃，推進以事業部管理為核心的集團化管控體系建設；其次，推進與聯合博姿開展戰略合作，并獲得股東大會審議通過，現正在履行相關部委的審批程序。

此外，基于IT的醫院內部供應鏈解決方案的軟件系統在江蘇省人民醫院成功實施，標志著藥事服務為特征的集成化供應鏈IT解決方案成功落地，該方案有助于醫院實施精細化管理，為醫院實現國家新財務管理制度提供技術支撐和數據保證，初步實現了以醫院管理變革帶動供應鏈管理變革。公司還提升運營質量和盈利能力，進一步創新健康服務連鎖業務運營模式并在規模、效益及現金流貢獻上實現新突破，經營業績穩中有升。

按照“優化資源配置，提升公司價值及效益”的思路，2012年，南京醫藥不斷推動線上線下資源整合、工商資源整合、物流資源整合、資產資源整合、股權資產整合、區域化資源整合，發揮資產價值和協同效應，提升公司盈利能力及價值。

南京醫藥的努力付出在各方面都有所體現，主營業務收入穩步增長，主營業務毛利同比上年度增加0.57億元；費用管控取得成效，三項費用率從2012年的7.94 %降至7.34 %；主營業務毛利與三項費用之差同比上年度減虧1.05億，主營業務減虧趨勢明顯；盤活低效資產，回收現金流，補充經營性資金；經營活動產生的現金流量凈額與上年同期相比明顯好轉。公司被中國醫藥商業協會授予2011-2012年度“最佳對醫療機構服務獎”、“最佳信息化實踐獎”、“最佳物流管理創新獎”和“最佳質量管理創新獎”。

在新的一年里，南京醫藥將更加聚焦戰略，協同創新，以提升盈利能力和公司價值為核心，圍繞“主業穩中求進出效益、管理挖潛出效益、創新突破出效益、資源協同出效益”不斷提升執行力和經營績效，提升市場和客戶的信心，推動企業的健康、可持續發展。